自社サーバにセットアップできる？

可能です。お客様によって「社内サーバでの運用」「独自クラウドでの運用」をされている事例がございます。とくに独自クラウドサーバをご利用いただく事で、比較的安価に自社環境を構築頂けます。（独自カスタマイズ・VPN接続・シングルサインオン対応などが可能）
なお大規模運用(たとえば100ユーザ以上、100棟以上)を想定されている場合でも、まずは「通常クラウド版で十分な事前検証を行う」ことをお勧めしています。